Hệ vi sinh vật là tập hợp tất cả các vi sinh vật như vi khuẩn, nấm, vi rút và gen của chúng, sống tự nhiên trong và trên cơ thể con người. Những loại vi sinh vật siêu nhỏ này giúp bảo vệ cơ thể chống lại mầm bệnh, hỗ trợ hệ thống miễn dịch và giúp tiêu hóa thức ăn để tạo ra năng lượng.